Proses kemasukan pelajar ke SIS adalah sesuatu yang unik. Calon-calon UPSR dengan khususnya dari seluruh negeri Perak yang berminat untuk memasuki sekolah ini dikehendaki mengisi borang permohonan yang boleh diisi secara dalam talian setelah keputusan UPSR diumumkan. Calon-calon yang berkelayakan akan dipanggil untuk menduduki ujian khas hafazan Al-Quran (Lisan).

Hanya calon-calon yang lulus ujian khas ini dengan aras tertentu akan dipertimbangkan untuk ditawarkan tempat ke sekolah ini. Ujian hafazan ini khas untuk kemasukan ke tingkatan satu.

Borang permohonan dalam talian ini boleh disemak melalui Laman Web Rasmi SIS di http://sekizzuddinshah.edu.my.

Bagi kemasukan ke tingkatan empat, pemohon mestilah berasal dari sekolah menegah agama atau kelas-kelas khas agama di sekolah menengah kebangsaan biasa dan mempunyai kelulusan dalam Penilaian Menengah Rendah (PMR) termasuk Bahasa Arab Komunikasi.

Bagi kemasukan ke tingkatan enam, pemohon mestilah berasal dari sekolah menegah agama atau kelas-kelas khas agama di sekolah menengah kebangsaan biasa dan mempunyai kelulusan dalam Sijil Pelajaran Malaysia termasuk Bahasa Arab Tinggi, Pendidikan Syariah Islamiah dan Pendidikan al-Quran dan as-Sunnah.

Syarat am pengambilan pelajar ke SIS adalah seseorang pelajar yang memohon mestilah beragama Islam, bumiputera, lelaki dan mempunyai kewarganegaraan Malaysia.

Walau bagaimanapun, pelajar perempuan dibenarkan untuk memohon melanjutkan pelajaran ke tingkatan enam.